Martín Cortés Zúñiga fue hijo de Hernán Cortés y Juana de Zúñiga. Nació en Cuernavaca en 1533. Fue uno de los primeros nobles en América al heredar el título Marqués del Valle de Oaxaca de su padre.
En 1540, viajó a España con su padre. Participó en la Batalla de San Quintín el 10 de agosto de 1557. Se casó con Ana Ramírez de Arellano.
En 1563, regresó a la Nueva España, pero se encontró que las leyes promulgadas en 1542 afectaban sus encomiendas —atribuciones de autoridad sobre un grupo de indígenas, lugar o territorio—.
Se inconformó y el grupo de encomenderos le tomó como líder, en 1564, el Ayuntamiento le nombre capitán general, hecho que lo confrontó con la Audiencia.
Los encomenderos se sublevaron, a este acontecimiento se le conoce como la Conspiración de Martín Cortés y se le considera un intento de independizar a la colonia de España. El 16 de julio de 1566 fueron detenidos los principales líderes, los hermanos Cortés —Martín Cortés Zúñiga, Martín Cortés Malintzin y Luis Cortés Altamirano— y los hermanos Alonso de Ávila y Gil González de Ávila.
El virrey Gastón de Peralta consideró que Martín Cortés fuera enviado a España para su juicio, sin embargo, los hermanos Ávila fueron condenados a muerte, se les ejecutó frente al Ayuntamiento.
A Martín Cortés se le despojó de todas sus propiedades y se le desterró a Orán en el noreste Argelia. Su hermano homónimo fue torturado en la Nueva España sin que se consiguiera hacerlo confesar.
En 1574, se le indultó, le regresaron sus propiedades y, decidió regresar a España. En octubre de 1581 se casó con Magdalena de Guzmán. Falleció el 13 de agosto de 1589 en Madrid.
