Joaquín Arias fue un militar independentista mexicano. En 1810 participó, junto con Miguel Hidalgo y Costilla, Ignacio Allende, Juan Aldama, Miguel Domínguez y Josefa Ortiz de Domínguez, en la Conspiración de Querétaro.
Los conspiradores habían planeado iniciar su movimiento en los primeros días de octubre, pero fueron denunciados en los primeros días de septiembre, en un principio las denuncias fueron desestimadas, pero con el paso de los días fueron atendidas. Así, el 13 de septiembre el Miguel Domínguez, presionado, ordenó la captura de los hermanos Epigmenio y Emeterio González, ambos comerciantes que participaban en la conjura.
Ante esta situación, Joaquín Arias se entregó a las autoridades y confesó haber participado en la conjura, su colaboración le permitió ser liberado, poco después se unió con los insurgentes al mando de Allende.
Participó en la Batalla del Monte de las Cruces el 30 de octubre de 1810, y en la Batalla de Aculco el 7 de noviembre donde los insurgentes se dividieron al ser derrotados por Calleja, Hidalgo marchó hacia Valladolid y Allende hacia Guanajuato.
Arias siguió a Allende y defendió Guanajuato frente al asedio de Calleja. Después de perder la plaza ante los realistas, marchó a Guadalajara donde apoyó la opinión de Allende para no hacer frente a las tropas realista en el Puente de Calderón, sin embargo, el punto de vista de Hidalgo, contrario al de Allende, prevaleció. Los realistas vencieron a los insurgentes en la Batalla del Puente de Calderón.
Arias y otros líderes insurgentes salieron hacia el norte. En Aguascalientes, Arias votó a favor de que Allende asumiera la jefatura del movimiento en sustitución de Hidalgo.
Falleció el 21 de marzo de 1811 al ser herido en la emboscada que Ignacio Elizondo montó en Acatita de Baján y en la que fueron capturados los principales dirigentes del movimiento insurgente.
