Después del fracaso del Ayuntamiento por instalar una Junta de Gobierno independiente de la corona española y de la captura de los miembros de la Conspiración de Valladolid, el capitán Ignacio Allende y otros militares, entre los que se encontraban Juan Aldama y Joaquín Arias, apoyaban la idea de instalar un gobierno independiente en la Nueva España, se reunían en San Miguel el Grande en Guanajuato para discutir esta posibilidad.
El plan era el mismo, instalar un gobierno independiente que velara por los intereses de Fernando VII en la Nueva España. Allende invitó a muchos criollos inconformes y afines a las ideas de la Ilustración.
Las reuniones se realizaban en la casa del licenciado Parra. Miguel Domínguez, corregidor de Querétaro, y su esposa, Josefa Ortiz de Domínguez apoyaban y participaban en la conjura.
Allende propuso que Miguel Hidalgo y Costilla encabezará el movimiento. Hidalgo era reconocido por la gente, además, mantenía una buena relación con Manuel Abad y Quiepo, arzobispo de Michoacán, y con Juan Antonio de Riaño y Bárcena, intendente de Guanajuato. Los conjurados pensaron que Hidalgo ayudaría a disipar los temores de las personas a iniciar un movimiento como el que planeaban. En un inicio Hidalgo se negó argumentando la falta de organización y planeación, pero terminó aceptando.
El inicio de la lucha estaba pensado para el 2 octubre de 1810, pero fueron denunciados por Mariano Galván. El 13 de septiembre el corregidor tuvo que ordenar la detención de los hermanos Epigmenio y Emeterio González, pero dos días después, él mismo fue denunciado y detenido.
La corregidora avisó a Ignacio Pérez quien se encontró en San Miguel con Aldama, ambos se trasladaron a Dolores para informar a Hidalgo y a Allende de lo sucedido. Hidalgo pensó que no había más remedio que precipitar la lucha, así, en la madrugada del 16 de septiembre de 1810, el cura Hidalgo arengó al pueblo desde el atrio de la Parroquia del Pueblo de Dolores —actualmente Dolores Hidalgo en Guanajuato— dando el Grito de Dolores y comenzando la gesta que consumaría la Independencia de México.
Algunos personajes que destacan por su participaron en la Conspiración de Querétaro son:
- Emeterio González
- Epigmenio González
- Francisco Lanzagorta Inchaurregui
- Ignacio Allende
- Joaquín Arias
- José María Sánchez
- Josefa Ortiz de Domínguez
- Juan Aldama
- Juan Nepomuceno Mier y Altamirano
- Lic. Parra
- Mariano Abasolo
- Miguel Domínguez
- Miguel Hidalgo y Costilla
