Después de que Miguel Hidalgo y Costilla dio el Grito de Dolores, el ejército insurgente marchó hacia Guanajuato, antes pasaron por Atotonilco, San Miguel y por Celaya sin encontrar mayor resistencia. Hidalgo tomó la imagen de la Virgen de Guadalupe que adoptó como estandarte en Atotonilco.
Se estima que el ejército de Hidalgo contaba con unos 50 mil hombres al llegar a Celaya, la mayoría no contaba con formación militar, era una turba desorganizada e indisciplinada, decidieron nombrar capitán general a Hidalgo, teniente general a Allende y mariscal a Aldama para tratar de controlar a este numeroso ejército.
Antes de llegar a Guanajuato, Hidalgo le escribió a Juan Antonio de Riaño y Bárcena, intendente de Guanajuato, deseaba convencerlo de unirse al movimiento independentista, pero Riaño se negó y se resguardó, junto con otros españoles, en la Alhóndiga de Granaditas.
La batalla comenzó el 28 de septiembre de 1810, los mineros de la ciudad se habían unido al ejército insurgente, Riaño perdió la vida en combate, los realistas abandonaron las trincheras alrededor de la Alhóndiga y terminaron por refugiarse en ella.
Un minero conocido como El Pípila tomó una pesada losa en su espalda para protegerse de los disparos realistas y se arrastró hasta la puerta de la Alhóndiga para prenderle fuego, así, la puerta pudo ser asaltada con cierta facilidad por los insurgentes.
La turba cometió algunos abusos a su paso como saquear las casas y negocios de los españoles, Allende trató de controlar la situación e Hidalgo se vio en la necesidad de anunciar que se castigaría con pena de muerte a los ladrones.
Después de la victoria insurgente, Hidalgo nombró a Francisco Gómez como intendente. También, se establecieron una fábrica de cañones y una de moneda.
Manuel Abad y Quiepo, obispo de Michoacán, excomulgó a Hidalgo por lo ocurrido en Guanajuato, Francisco Javier Lizana y Beaumont, arzobispo de México, ratificó la excomunión. Se ofrecieron 10 mil pesos por las cabezas de los principales líderes de la revuelta.
El 10 de octubre de 1810, los insurgentes salieron de Guanajuato dirigiéndose a Valladolid.
