Liceaga nació hacia 1780-1782 en la Hacienda de La Gavia, en la región que hoy corresponde al municipio de Romita, Guanajuato, dentro de una familia acomodada. Recibió una educación que incluyó estudios de medicina y posteriormente ingresó al ejército realista, donde sirvió como oficial del cuerpo de Dragones. Cuando Miguel Hidalgo inició la insurgencia en 1810, Liceaga decidió abandonar las filas realistas y unirse al movimiento independentista. Su experiencia militar resultó muy valiosa para Hidalgo y pronto obtuvo el grado de teniente coronel. Había comenzado su trayectoria sirviendo a la autoridad virreinal y terminó convirtiéndose en uno de los oficiales que luchaban contra ella.
Durante la primera etapa de la guerra acompañó a Hidalgo en varias de sus principales campañas. Participó en la batalla del Monte de las Cruces, en octubre de 1810, y posteriormente estuvo presente en Aculco y en el Puente de Calderón, donde la insurgencia sufrió una derrota decisiva. Después de la captura y ejecución de Hidalgo y de los principales jefes insurgentes en 1811, Liceaga continuó la lucha junto a Ignacio López Rayón. Durante la retirada hacia el centro del país participó en diversas operaciones y destacó especialmente en el combate de Puerto de Piñones. Su capacidad y experiencia contribuyeron a que Rayón lo considerara uno de sus principales colaboradores.
Una de las etapas más importantes de su carrera comenzó con la creación de la Suprema Junta Nacional Americana en Zitácuaro, en agosto de 1811. Liceaga fue elegido uno de sus vocales, junto con Rayón y José Sixto Verduzco. La Junta intentaba dotar de una estructura política a la insurgencia, organizar un gobierno y administrar los territorios bajo su control. Liceaga recibió responsabilidades militares en la región del Bajío y Guanajuato, donde tuvo que enfrentarse a las fuerzas realistas y organizar sus propias tropas.
Sin embargo, la insurgencia estaba lejos de ser un movimiento unido. Las diferencias entre los dirigentes fueron aumentando y Liceaga terminó enfrentándose políticamente con Ignacio López Rayón. Junto con José Sixto Verduzco cuestionó algunas de las decisiones de Rayón y, en medio de esas disputas, llegó a ser detenido temporalmente por él. Un documento de 1813 confirma que Liceaga se encontraba preso por órdenes de Rayón y que José María Morelos intervino para solicitar que fuera liberado y pudiera acudir a la reunión política que estaba preparándose en Chilpancingo. Finalmente, las diferencias fueron superadas y Liceaga participó en el nuevo Congreso insurgente.
En 1812 protagonizó uno de los episodios militares más singulares de la Independencia. Después de establecerse en la región de Yuriria, aprovechó los islotes de la laguna para crear una fortificación que recibió el nombre de Isla Liceaga. El lugar llegó a contar con defensas, talleres para fabricar cañones y pólvora e incluso instalaciones destinadas a la acuñación de moneda. La posición se convirtió en un importante centro de operaciones insurgentes y en una auténtica fortaleza sobre el agua.
La fortificación llamó la atención de Agustín de Iturbide, entonces comandante realista. A finales de 1812, las fuerzas de Iturbide organizaron un ataque contra la isla. Liceaga consiguió escapar antes de que los realistas tomaran la posición, mientras los defensores que permanecieron allí fueron derrotados.
La actividad de Liceaga no se limitó a las armas. En 1813 acudió al Congreso de Chilpancingo como representante de Guanajuato y participó en uno de los momentos decisivos del movimiento independentista. El 6 de noviembre de ese año firmó, junto con otros diputados, el Acta Solemne de la Declaración de Independencia de la América Septentrional.
Su participación política continuó al año siguiente. El Congreso insurgente elaboró el Decreto Constitucional para la Libertad de la América Mexicana, conocido como Constitución de Apatzingán, sancionado el 22 de octubre de 1814. Liceaga ocupó la presidencia del Congreso durante ese proceso y posteriormente formó parte del Supremo Gobierno insurgente junto con José María Morelos y José María Cos.
La Constitución de Apatzingán representaba precisamente ese esfuerzo por imaginar cómo debía funcionar el nuevo país. Establecía la soberanía popular y la división de poderes, y buscaba crear instituciones capaces de sustituir el sistema político virreinal.
En los años siguientes, la situación militar de los insurgentes se volvió cada vez más complicada. Liceaga continuó participando en la lucha y en 1817 tuvo contacto con la expedición encabezada por Francisco Javier Mina, el liberal español que llegó a Nueva España para combatir contra el gobierno de Fernando VII. Tras el fracaso de aquella campaña y la captura de Mina, Liceaga se apartó temporalmente de la actividad militar y buscó refugio en la Hacienda de La Laja, cerca de León. La guerra había reducido considerablemente las posibilidades de los insurgentes y muchos de sus antiguos compañeros habían muerto, sido capturados o abandonado la lucha.
Su destino final fue trágico y no ocurrió en un campo de batalla. El 27 de diciembre de 1818, Liceaga se encontraba relacionado con los acontecimientos ocurridos en la Hacienda de La Gavia, propiedad de su familia. Según la reconstrucción conservada por fuentes históricas guanajuatenses, el insurgente Miguel Borja había ocupado la hacienda y tomado recursos para abastecer a sus hombres. Liceaga acudió al lugar para reclamar por los daños ocasionados. Allí se encontró con Juan Ríos, quien terminó disparándole cuando Liceaga intentaba ponerse a salvo. Murió de esta manera, víctima de la violencia y de las divisiones que habían caracterizado los últimos años de la insurgencia.
La muerte de Liceaga ocurrió tres años antes de la consumación de la Independencia, por lo que no llegó a contemplar la entrada del Ejército Trigarante a la Ciudad de México en 1821. Tampoco pudo conocer el México independiente que ayudó a imaginar. Su vida pasó de los estudios y la carrera militar al servicio de la insurgencia, y de allí a la participación en la construcción de un gobierno que pretendía sustituir al régimen virreinal.
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