Martín Cortés Malintzin fue el primogénito de Hernán Cortés y la Malintzin, se le considera uno de los primeros mestizos, se cree que nació entre 1523 y 1524. Se casó con Bernaldina de Porras con quien tuvo un hijo llamado Hernando.
Viajó con su padre a España. En 1533, nació su medio hermano Martín Cortés Zúñiga, hijo de Juana de Zúñiga y heredero del Marquesado del Valle de Oaxaca.
En 1542, se promulgaron unas leyes que impedían que los conquistadores españoles heredaran sus encomiendas —atribución de autoridad sobre un grupo de indígenas, lugar o territorio—.
En 1563, los hermanos Cortés regresaron a la Nueva España. Martín Cortés Zúñiga se inconformó con las leyes aprobadas en 1542. Muchos encomenderos se le unieron en lo que se conoce como la Conspiración de Martín Cortés, algunos consideran este acontecimiento uno de los primeros intentos por independizar a la colonia de España.
El 16 de julio de 1866 fueron capturados los principales conspiradores, los hermanos Cortés —Martín Cortés Zúñiga, Martín Cortés Malintzin y Luis Cortés Altamirano— y los hermanos Alonso Ávila y Gil González de Ávila fueron condenados a muerte.
Martín Cortés Malintzin fue torturado, pero no lograron hacerlo confesar. Los hijos de Hernán Cortés fueron perdonados y desterrados a España. En 1574, el rey eximió a los hijos de Cortés. Falleció en 1595 en España.
Se especula que pudo haber participado en la Rebelión de las Alpujarras entre 1568 y 1571.
