La principal diferencia entre el conocimiento científico y el conocimiento empírico es que el primero es objetivo y el segundo es subjetivo.
El conocimiento científico se adquiere mediante el uso del método científico. Además, se realiza de manera organizada y se realizan mediciones que permiten cuantificar las variables relevantes asociadas al fenómeno que se estudia, esto le da el carácter de objetivo.
Las condiciones en las que se realiza el experimento con el que se busca la generación de conocimiento científico se pueden reproducir en cualquier lugar y por cualquier persona. Los resultados que se obtengan deben ser iguales o estadísticamente similares.
En contraparte, el conocimiento empírico es subjetivo, esto quiere decir que se adquiere mediante la práctica o a través de la experiencia. La generación del conocimiento subjetivo sucede sin que se realicen mediciones objetivas, se depende por entero de la observación que se realiza por medio de los cinco sentidos.
En ocasiones los problemas no pueden resolverse con un solo enfoque, es decir, se tiene que hacer uso de la subjetividad y de la objetividad para lograr una solución satisfactoria. No siempre se tiene a la mano un instrumento de medición, por ejemplo, en cada problema que enfrenta la sociedad el factor humano es determinante, medir el grado de aceptación de un grupo humano a nuevas circunstancias se relaciona con ningún patrón de medida. Muchas veces un enfoque mixto es la mejor alternativa.
Incluso es posible que la intuición nos permita establecer hipótesis de experimentación para trabajar con el método científico y generar, al final, conocimiento objetivo.